自古以来皇家秘密组织——皇家龙虎豹一直秘密承担着保护着皇上的工作，他们的成员由三人组成，分别为一条龙，跳跳虎和沙尘豹。这天，从西域来的魔术为皇帝献艺表演，而一旁想要与西域魔术团切磋的阿龙主动提出比赛，但却变法失败，皇帝神秘失踪，不知下落，太子大怒将阿龙打入地牢，阿虎阿豹被牵连也进了地牢。兄弟三人被送上法场，即将行刑的时候，护卫阿猫把三人救了下来，四人从昔日风光无限的御前护卫，转眼就成了逃犯。阿龙坚定要找出皇帝失踪的真相，并怀疑西域魔术团与此案有关，阿虎阿豹意见不合，兄弟分道扬镳，阿龙和阿猫只能凭借着细微线索前往西域，却意外的卷入了西域多方势力利益纷争……另一边，太子宣布皇帝已经驾崩，即将要举行登基大典…进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高 饰）、神谷薫（武井咲 饰）、明神弥彦（大八木凯斗 饰）、斋藤一（江口洋介 饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴…… 　　本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。